Em 2006 o Fluminense montou um bom elenco para disputar as competições da temporada. O Time de Guerreiros voltava a participar de um torneio continental ao se classificar para a Copa Sul-Americana. Porém, o ano não foi muito bom para o Tricolor.
No primeiro desafio de 2006, o Campeonato Carioca do Fluminense foi um fiasco. O Flu sequer conseguiu chegar às semifinais da Taça Guanabara ou Taça Rio. Na primeira, terminou na quarta colocação, atrás de Nova Iguaçu, Cabofriense e Americano. Já no segundo turno, terminou em terceiro, atrás de Cabofriense e Americano.
Na Copa do Brasil daquele ano o Time de Guerreiros chegou longe. Depois de passar por Operário, CENE, Vila Nova e Cruzeiro, o Fluminense acabou caindo nas semifinais contra o Vasco, após ser derrotado no jogo da ida e empatar no confronto da volta.
Na Copa Sul-Americana o Fluminense eliminou o Botafogo, mas caiu para o modesto Gimnasia Y Esgrima, da Argentina, logo na segunda fase.
No Campeonato Brasileiro brigou contra o rebaixamento, terminando em 15º lugar, com 45 pontos, sendo 11 vitórias, 12 empates e 15 derrotas.
Jogadores e técnicos do Fluminense em 2006
GOLEIROS: Diego Costa, Ricardo Berna, Kléber., Fernando Henrique.
DEFENSORES: Thiago Silva, Darcy Dolce Neto, Marcelo, Roger Machado, Rogério, Jean, Henrique, Marcão, Neto, Thiago, Ulisses.
MEIAS: Arouca, Petkovic, Diego Souza, Romeu, André Moritz, Pedrinho, Ângelo, Bruno, Fernando, Rodolfo Soares.
ATACANTES: Alex Barboza, Tuta, Cláudio Pitbull, Beto, Evando, Osmar, Lenny.
Técnicos: Ivo Wortmann, Paulo Campos, Oswaldo de Oliveira, Jorginho, Josué Teixeira, Antônio Lopes, Paulo César Gusmão.
