Campeão da Primeira Liga em 2016, o Fluminense colocou mais um troféu em sua galeria em uma época de vacas magras. O tricolor conquistou o título depois de bater o Athlético-PR na final em jogo único realizado em Juiz de Fora-MG por 1 a 0.
A ideia de realizar a Primeira Liga, reeditando a Copa Sul-Minas surgiu a partir do sucesso da Copa do Nordeste, realizada desde 2010. Os clubes do sul e sudeste viam na Copa Regional nordestina a possibilidade de ter um calendário mais qualificado no primeiro semestre, não jogando apenas os campeonatos estaduais e se afastando das federações estaduais. Na época, Flamengo e Fluminense estavam rachados com a FERJ (Federação de Futebol do Rio de Janeiro).
Na edição de 2016 os estados de Santa Catarina, Rio de Janeiro, Paraná, Rio Grande do Sul e Minas Gerais estavam participando, com 12 clubes no torneio. Os clubes participantes foram: Flamengo e Fluminense (RJ), Atlético-MG, América-MG e Cruzeiro (MG); Grêmio e Internacional (RS), Athlético-PR e Coritiba (PR), Criciúma, Figueirense e Avaí (SC).
O sorteio para a competição aconteceu no dia 16 de outubro de 2015, no Rio de Janeiro. Os grupos foram separados a partir do Ranking da CBF (Confederação Brasileira de Futebol) de 2015. O Fluminense ficou no pote B, com Atlético-MG e Internacional.
Com os grupos sorteador, o tricolor carioca ficou no grupo A, com Athlético-PR, Cruzeiro e Criciúma. O Flu se classificou em primeiro com seis pontos, com duas vitórias e uma derrota.
Na fase final, com quatro clubes, estavam Fluminense, Flamengo, Athlético-PR e Internacional. Em jogo único realizado em Brasília, o tricolor eliminou o Inter nos pênaltis por 3 a 2, após empate em 2 a 2 no tempo regulamentar. Na outra chave, o CAP conseguiu a vaga na final após vencer o Flamengo por 1 a 0 em Juiz de Fora-MG.
Na final, o Fluminense venceu o Athlético por 1 a 0 com gol de Marcos Júnior. Gustavo Scarpa, a época no Fluminense, foi o craque da competição. Marcos Júnior, marcador do único gol na final, foi escolhido o craque da partida.
