Agner chegou ao Palmeiras do Fluminense no meio da temporada de 2024 para atuar no time Sub-20, com a expectativa de desenvolver seu potencial e futuramente integrar o elenco principal. Apesar das boas atuações, o Verdão optou por não exercer a opção de compra ao final do empréstimo, e o jogador deve retornar ao Fluzão em breve.
Durante sua passagem pelo Palmeiras, Agner disputou 28 partidas e marcou 10 gols, mostrando qualidade, mas não o suficiente para garantir sua permanência definitiva no clube. Ele treinou inclusive com os profissionais, sob o olhar da comissão técnica de Abel Ferreira, mas a decisão foi pelo retorno ao clube carioca.
No Fluminense, Agner foi destaque nas categorias de base, chegando a ser relacionado para jogos do time profissional e convocado para as seleções de base do Brasil. Contudo, uma lesão e a perda de espaço na equipe Sub-20 fizeram com que ele buscasse novos ares no Palmeiras, onde recebeu uma proposta salarial considerada superior à do Flu.
Assim, a saída de Agner do Palmeiras para o Fluminense representa um ajuste natural no elenco, enquanto o Verdão continua investindo em contratações e na promoção de jovens promissores da base para fortalecer o time principal na temporada que se inicia.
