Disputando a Série C em 1999, o Fluminense foi campeão da competição e teve o acesso garantido a Série B de 2000. Entretanto, com a polêmica do caso Sandro Hiroshi, a CBF (Confederação Brasileira de Futebol) abriu mão de organizar a competição em 2000.
Para não ficar sem calendário em 2000, o Clube dos 13 organizou a Copa João Havelange. Competição alheia ao campeonato brasileiro, mas reconhecida como a edição daquele ano. A Copa João Havelange foi organizada com 116 clubes convidados, divididos em quatro módulos: azul, amarelo, verde e branco.
O módulo azul foi composto por 25 times da Série A e da Série B. Sendo eles: os 17 clubes que, pelos critérios esportivos deveriam permanecer na Série A, Santa Cruz e Goiás (que ascenderam à Série A da Série B de 1999), Botafogo (que não desceu para a Série B por decisão do STJD, caso Sandro Hiroshi), Gama e Juventude (que não desceram para a Série B), Fluminense (que ascendeu à Série B ao final de 1999), mais Bahia e América-MG (que jogaram a Série B em 1999).
O módulo amarelo foi composto por times da Série B e da Série C. Com 36 clubes, sendo eles: s 20 que, pelos critérios de acesso e descenso do ano anterior, deveriam disputar a Série B, menos os cinco últimos citados acima, mais 21 clubes convidados pelo Clube dos 13 de séries inferiores a B, com aval da CBF.
O módulo verde foi composto por times da Série C: 28 clubes das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste do Brasil. E o branco com 27 times da série C das regiões Sul e Sudeste do Brasil.
Em 2001, como a CBF não tinha organizado o Campeonato Brasileiro de 2000, precisou recomeçar “do zero”. Para isso, a confederação convidou 28 clubes para disputar o campeonato. Os critérios utilizados foram: os 18 clubes classificados para a Série A de 2000, mais Botafogo e Internacional-RS, favorecidos pelo Caso Sandro Hiroshi; Goiás e Santa Cruz, campeão e vice da Série B de 1999; os quatro clubes rebaixados para a Série B de 2000: Gama, Juventude, Botafogo-SP e Paraná; e Fluminense, Bahia, América-MG e São Caetano, que teriam disputado a Série B de 2000.
Assim, o Fluminense deixou a Série C em 1999 e disputou a Série A em 2001. Ele não pulou a Série B, mas sim foi convidado a jogar a série A em 2001.
